Wniosek o płatność składa się w systemie teleinformatycznym instytucji — zwykle cyklicznie, zgodnie z umową. Zawiera zestawienie wydatków, dokumenty potwierdzające ich poniesienie oraz opis postępu rzeczowego i osiągniętych wskaźników.
Wnioski mogą dotyczyć refundacji poniesionych wydatków, zaliczki lub mieć charakter sprawozdawczy. Braki i błędy wydłużają wypłatę środków, a w skrajnych przypadkach prowadzą do uznania wydatków za niekwalifikowalne.