Koszty kwalifikowalne to wydatki spełniające warunki programu: poniesione w okresie kwalifikowalności, niezbędne do realizacji projektu, udokumentowane i zgodne z przepisami — w tym z zasadami zamówień. Tylko od nich liczy się dofinansowanie.
Katalog kosztów różni się między instrumentami. Ten sam wydatek może być kwalifikowalny w dotacji, ale nie w PSI — i odwrotnie. Typowe koszty niekwalifikowalne to m.in. podatek VAT możliwy do odzyskania oraz wydatki poniesione przed złożeniem wniosku.